| Диалоги про тыкопихнологию |
| Куетехнология белков, ДНК, РНК 2011.06.19 17:08:06 Victoria: Мне удалось смоделировать псевдоуридиловую петлю без "выкручивания суставов", т.е. используя углы поворотов, кратные 120 градусам. Кушелев: Я Вас, конечно, поздравляю, т.к. любая модель имеет право на существования, а пикотехнологическая, да ещё от самой Виктории Соколик - особенно. Помогает ли Ваша модель антикодоновой петли понять механизм композиционного кодирования? Если да, то как? Если нет, то давайте обсудим достоинства и недостатки моей модели, которая помогает. Victoria:Вы неверно прочитали: я предложила модель ПСЕВДОУРАЦИЛОВОЙ петли, а Вы мне об антикодоновой... Кстати метилинозин не принадлежит антикодоновому триплету тРНК, даже если Вы обнаружили это в своём модельном эксперименте. Кушелев: Да, прошу прощения. Просто я увидел модель и у меня возникла ассоциация. Псевдоуридиловая и диметилуридиловая петли в моей модели на Ваши совсем не похожи, поэтому я и ошибся. Моя модель объясняет механизм управления движением тРНК. Одно из азотистых оснований петли подвижно и от амплитуды колебаний цитозина зависит сопротивление петли при движении тРНК в водном растворе. Чем выше амплитуда колебаний "руля", тем сильнее сворачиват тРНК на источник гиперзвука. Это объясняет эффективность работы системы тРНК - рРНК. Помогает ли Ваша модель псевдоуридиловой петли понять механизм управления тРНК? Victoria: А.Ю., эту Вашу фантазию про гиперзвуковой зов рибосомы и амплитуду колебаний "руля" тРНК я не могу обсуждать серьёзно до появления хотя бы каких-либо экспериментальных аргументов. Вы не захотели их получить самостоятельно, поэтому я подожду результатов энтузиастов-фанатов. Кушелев: Хотелось бы более детально понять, что объясняет Ваша модель. Объясняет ли она, как конкретно происходит взаимодействие кодон-антикодон? Объясняет ли она, каким образом прекращается вращательное движение при стыковке кодона и антикодона? Вы же понимаете, что если вращение не остановить, то тРНК после попадание антикодоном на кодон продолжит вращение, и процесс установки аминокислоты под нужным углом будет невозможен. Моя модель помогает понять механизм остановки вращения тРНК. При этом понятно, как кодируется угол поворота. Victoria: В моей модели кодон-антикодоновое взаимодействие происходит по обычным законам комплементарности нуклеотидов. При этом триплета кодона с триплетом антикодона без всяких придуманных Вами вращений. Кушелев: А вращение мною не придумано. Оно открыто экспериментально. Разве Ваша модель тРНК не является спиральной, как моя? Victoria:Моя модель тРНК имеет L-образную пространственную структуру, в отличие от Вашей, и это экспериментальный факт. Поэтому двигаться так, как Вы смоделировали она не будет, даже если в своей структуре имеет спиральные мотивы. Кушелев: Кушелев: А Вы проверьте. Киньте в воду "бумеранг", сделанный из материала, который тонет, и посмотрите, будет ли он вращаться, опускаясь на дно? Victoria:Это совсем не доказывает, что тРНК при взаимодействии с кодоном в рибосоме имеет возможность вращаться. Она там даже пошевелиться не может до транслокации. Кушелев: Сейчас я Вам покажу, как будет вести себя в воде L-образная тРНК Victoria:Да плавать в цитоплазме L-образная тРНК может как угодно, хоть брасом . Я настаиваю на том, что в рибосоме тРНК не вращается, поэтому Ваше представление о механизме её участия в матричном синтезе ошибочны. Кушелев: Кушелев: Ну что же, отлично! Мы уже пришли к согласию, что в процессе движения тРНК вращается. Вращается она со скоростью около миллиарда оборотов в секунду. Эта оценка была сделана ранее, но если Вам интересно, я могу повторить. Вы согласны, что тРНК, которая вращается с угловой скоростью миллиард оборотов в секунду не может остановиться сразу? Victoria:А.Ю., дело в том, что в цитоплазме практически насыщенный раствор белка с огромной вязкостью. Не говоря уже об актиновом цитоскелете. Поэтому Ваши расчеты скорости вращения ошибочны. Кушелев: Как движется тРНК до взаимодействия с рибосомой, т.к. как она находит рибосому? Victoria:До взаимодействия с рибосомой тРНК и иРНК движутся как и любые другие молекулы в цитоплазме. Аналогия: взаимодействие фермента с субстратом -- случайное событие. Вы же не будете утверждать, что субстрат мчится к своему ферменту на зов гиперзвука последнего. Кушелев: А Вы в курсе, что разные молекулы движутся по-разному? Victoria:Да на здоровье. Кушелев: Наши модели понравились и биологу из г. Харькова, Виктории Соколик. Мы сделали по её просьбе пикотехнологические модели ряда белковых молекул, а так же модель тРНК. Может быть и Вам понравится наша работа? Victoria:А.Ю., мне мои пикотехнологические модели белков и нуклеиновых кислот нравятся больше Ваших, поскольку мои соответствуют общеизвестным экспериментальным данным, а Ваши преимущественно только Вашим представлениям. Кушелев: Нравится, не нравится ... Мне тоже Ваши модели азотистых оснований понравились больше, но они пока не прошли полноценной проверки. Если из них можно сделать минор Кушелева, то я уже смогу ими пользоваться для моделирования тРНК, но пока у меня не получается построения минора Кушелева из нуклеотидов с формой азотистых оснований от Виктории Соколик. Так что интересно было бы увидеть Вашу интерпретацию минора Кушелева. Victoria:Александр Юрьевич, придуманный Вами и не обнаруженный в природе "минор Кушелева" не является объективным тестом для адекватности моих пикотехнологических моделей азотистых оснований. Кушелев: Ну его, этот минор Кушелева. diprospan: А.Ю. А чем плохи существующие официальные "модели", которыми все пользуются? Кушелев: Пользование этими моделями не помогло исследователям открыть композиционный генетический код. Его можно открыть лишь на основе пикотехнологии. Trilobit: Странно, а ведь в фантазии "Азбука пикотехнологии" Кушелев утверждал совсем другое. Кушелев: Расшифровав композиционный генетический код (эта таблица опубликована в газете "Экономика сегодня и завтра №2(4) за 1993 г.) мы смогли вручную, а затем на компьютере строить по коду пространственную структуру любого белка. Trilobit: То есть в 1993 году композиционный код позволил Кушелеву перейти к построению моделей, а спустя 18 лет Кушелев всё перепутал и заявил обратное. Кушелев: А композиционный генетический код позволяет экономить на определении структуры каждого из миллионов белков по ~10 000 долл. Trilobit: Увы и ах, но не позволяет. По крайней мере никому это пока (23.06.2011г.) не удалось. Кушелев: Причём эта сумма относится к стоимости РСА, т.е. для тех белков, которые можно закристаллизовать. А большинство белков не кристаллизуется, поэтому экономический эффект на несколько порядков больше, чем 1 000 000 белков * 10 000 долл. Эта информация опубликована мною ещё в 1992-ом году, но "народ не чешется" Victoria:Александр Юрьевич несколько преувеличивает роль композиционного кода. Называя вещи своими именами надо понимать, что доселе самыми убедительными результатами моделирования белка были экспериментальные. Полученную в эксперименте информацию о конечной конформации белка обрабатывали и строили приближенные модели его пространственной структуры. Кушелев: Сегодня, 2011-06-23, в процессе моделирования АСС-конца тРНК неожиданно выяснилось, что всё это время мы строили модели тРНК задом наперёд. Та же история получилась с моделью белка в 1992-ом году. При этом форма модели не меняется. Только все элементы поворачиваются задом наперёд. Trilobit: Вот ведь как забавно. Получается если бы в 1992 году "народ зачесался" бы и повалил к Кушелеву за "экономическим эффектом на несколько порядков больше, чем 1 000 000 белков * 10 000 долл." , то потом всю эту "куеэкономию" пришлось бы выкинуть на помойку! Как здорово, что грамотный народ не клюнул 18 лет назад на обман Кушелева. Trilobit: Удалось найти отрывок из переписки 2010 года. Victoria: ....в Вашей версии программы заложены D-аминокислоты (которые при рибосомальном синтезе в белки не встраиваются). Кушелев:В программе используются D-аминокислоты, поэтому пи-спираль получается правой, а альфа-спираль - левой. Но это досадное недоразумение легко исправить с помощью зеркала. А в будущем, конечно, нужно исправить программу-скрипт. Victoria:Александр Юрьевич, Вы мне рекомендуете программу, в которой белки собираются не из нативных L, а из неприродных D-аминокислот. А потом я в воображаемом зеркале должна всё отражать. Это же бред. Неужели Вы не понимаете, что с зеркалом можно поиграться для одного аминокислотного остатка, но структура всего белка из сотни аминокислот будет совершенно разной (и совсем не зеркальной) из L- и D-кирпичиков аминокислот. Поэтому те модели лизоцима, гемоглобина или коллагена, которые Вы рисуете в своей программе НИЧЕГО общего с реальностью не имеют. До интерпретации вариантов 1, 2, 3 и 4, нужно сначала заложить в программу модели L-аминокислот. Вот с этого и начните, а потом можно отлаживать что угодно. Кушелев: Программа "Пикотех" выполняет чисто геометрический алгоритм, поэтому дальний порядок атомов может существенно отличаться от реального.Продолжение. 29 ноября 2011 года 19:30:34 Кушелев: Уважаемая Виктория! А Вы не хотели бы в своих научных статьях использовать модели, созданные мною в 3DS Max? В частности, показать альтернативную Вашей пикотехнологическую модель тРНК? Может быть это вызовет дополнительный интерес читателей к Вашим работам... 29 ноября 2011 года 19:45:14 Victoria: Уважаемый Александр Юрьевич, благодарю за предложение, но я не могу обсуждать и тем более публиковать модели тРНК, которые считаю ошибочными. Кушелев: Почему, собственно? Что в этом плохого? Victoria: Ничего плохого в том, что на Вашем форуме я предлагаю и обсуждаю с Вами разновидности моделей, пока мы не приходим (или нет) к единогласию, разумеется нет . Но в научных журналах не публикуют обсуждений и вариантов. Всё это остаётся в черновом варианте до написания статьи. Как Вы себе это представляете: тРНК имеет такую структуру, а может и вот такую. Согласитесь, это не серьёзно. Надо сначала самим разобраться, договориться, прийти к единому мнению или убедить друг друга, а потом морочить голову научной общественности. По собственному опыту, чем проще идея, тем сложнее она для восприятия. Кушелев: Я думаю, что будет больше пользы, если Вы опубликуете в очередной статье не одну, а несколько альтернативных пикотехнологических моделей тРНК. Читатели, в т.ч. другие исследователи помогут быстрее выбрать из ряда моделей наиболее адекватную. Я, например, публикую в рассылке все альтернативные модели. Чем больше дать читателям исходной информации, тем больше они смогут помочь исследователям. Victoria:Не хочу Вас расстраивать, но могу предложить только соавторство в своих статьях. Только не обессудьте, буду писать, что думаю и давать тот материал, который считаю проходным. Фантазии с гиперзвуком рибосомы без экспериментального подтверждения никто даже рассматривать не станет. Вы же ученый и сами понимаете, что в науке большинством голосов истинность гипотез не выбирается. Обычно это делает эксперимент и время. 22 апреля 2012 года 11:45:37 Victoria: Кстати, когда Вы моделировали радикалы аминокислот, Вы их координаты рассчитывали с помощью геометрии, подгоняли по готовым моделям в 3DMax или просто взяли координаты из моделей вьюера? Кушелев: Радикалы аминокислот получились в модельном пикотехнологическом эксперименте по структурным формулам из учебника и с использованием дополнительных соображений. Victoria: ...почему Анатолий Шестопалов характеризует меня в этом письме как "пользователя моделями белков Кушелева". Насколько я в курсе, я всегда публиковала только свои модели. Кушелев: Вероятно, Анатолий Васильевич имел в виду открытие композиционного генетического кода. Естественно, что можно уточнить, что Виктория составила собственную таблицу композиционного кода, которая отличается числом вариантов композиции. Виктория изготовила пикотехнологические модели аминокислот и нуклеотидов ДНК/РНК другой формы. Тем не менее отличия во вторичной структуре белка так малы, что современные экспериментальные способы не позволяют их заметить. Шестопалов: Виктория Васильевна, я перешлю ваши эти замечания-возражения Кеннету Снельсону. Если вы меня не поправите, то я напишу Кеннету Снельсону, что вы "пользователь не моделей белков Кушелева, а моделей атомов Кушелева из которых строите свои модели белков". Trilobit: Судя по всему Кеннет Снельсон не считает, что его модели атомов являются изобретением Кушелева. Kenneth D. Snelson: Модель (атома) Снельсона описана в моём патенте США 1965года. Прилагается в текст и JPEG со страницами рисунков. United States Patent Office 3,276,148 MODEL FOR ATOMIC FORMS Kenneth D. Snelson, 25 W. 81st St., New York, N.Y. Filed Jan. 31, 1964, Set. No. 341,556 8 Claims. (CL 35-18) Вопрос: атом Кушелева или атома Ogzhevalskovo отличается от атома Снельсона? Патент Кеннета Снельсона Trilobit: Получается так. И Кушелев и Соколик используют патентованные модели атомов Кеннета Снельсона. Причём Соколик использует свои таблицы для строительства молекул. К сожалению Кушелев не опубликовал по какой-то причине своё объяснение - чем отличается его модели атомов от моделей Кеннета Снельсона. 28 мая 2012 года. Неожиданное заявление Виктории Соколик. А.Ю., в отличие от меня, Вы сразу же хотите получить готовые альфа-спирали при декодировании нуклеотидной последовательности. Этот путь НЕ ВЕРЕН. Поскольку композиционные углы поворота в альфа-спирали имеют место только в этой структуре и не кодируются всеми альфа-кодонами в гене белка. Альфа-кодоны, не кодирующие альфа-спиральный участок в белке, детерминируют несколько иные значения углов (как в моём структурном шаблоне правой спирали). |
| © 2010 "Офигеология без границ" 25 июня 2011 года  |