Как Кушелев ставил свои условия организаторам конкурса CASP и CAFASP.

     Кушелев:

     Я принимал участие в разных конкурсах. Некоторые были честными, некоторые - надуваловка. Это относится не только к России.

     Надуть Вас могут и на международном конкурсе. Вот конкретный пример. Международный конкурс CASP и CAFASP. На этом конкурсе нужно определить структуры приблизительно 40 белковых молекул по аминокислотной последовательности.

     Я сообщил руководству этого конкурса, что информация о структуре белка содержится не в аминокислотной последовательности самого белка, а в нуклеотидной последовательности кодирующий белок информационной РНК.

     Кому интересно узнать структуру белка по коду, а вручную считать утомительно, предлагаем воспользоваться нашей компьютерной программой. Программа написана на стандартном Паскале и позволяет преобразовать генетический код белка в композиционный код его структуры, согласно нашей таблице.

      То есть Кушелев попросил, чтобы условия конкурса изменили на более для него удобные.

     Кушелев:

     После этого руководитель конкурса прислал мне 40 нуклеотидных последовательностей белков, структуру которых выставили на конкурс. Конкурс длился ~2 месяца. Каждые два-три дня приходили новые коды, а решения из лаборатории Наномир выставлялись на сервер CASP. Вот копия базы данных, в которой наша лаборатория числилась под номером 33:

     Трагическая ошибка Кушелева. Даже по окончанию ссылки видно, что это база данных CAFASP а вовсе не CASP!

      Всё было хорошо до начала подведения итогов конкурса. В день подведения итогов из 33 участников неожиданно исчезло 5, в т.ч. лаборатория Наномир. Как будто мы и не участвовали в конкурсе.

А ведь так и есть! Кушелев хотел участвовать в конкурсе с другими условиями, но коварные организаторы не подчинились Кушелеву!
Если прогноз не будет принят CASP, а сервер разработчик не сможет исправить файл, затем этот прогноз будет удалён из CAFASP.

     Кушелев:

     Когда я поинтересовался, в чём дело, организатор сообщил, что по техническим причинам не может поставить данные, полученные от лаборатории Наномир на сервер.

Заметим, что по условиям конкурса организаторы и не должны были этого делать! Программа-участник должна была САМА отправить результат на сервер организаторов в требуемом формате.

     Кушелев:- Но они же там уже были! - возразил я. На это мне уже ничего не ответили... Вот копия этой переписки:

Это прямая ложъ.
Кушелеву сообщили, что необходимо ознакомиться с условиями конкурса, где недвусмысленно напечатано:
Если прогноз не будет принят CASP, а сервер разработчик не сможет исправить файл, затем этот прогноз будет удалена из CAFASP.
Организатор конкурса Leszek просто из сил выбивался, чтобы помочь Кушелеву.
Leszek: У вас есть проблема в том, что есть некоторые технические требования к участию.
Мы не можем запустить все методы сами (я хочу найти время, чтобы сделать это).
Вот почему CAFASP будет сосредоточено только на серверах, которые дадут ответ на автоматизированный запрос посланный нами. Мы хотели бы отправить только аминокислотную последовательность, потому что мы считаем, что структура зависит от этого, а не только на основной последовательности ДНК, но мы могли бы попытаться сделать исключение (не обещаю). Но для этого нужно сервер, чтобы отправить нам ответ в автоматическом режиме.
Проверьте объявление CAFASP и оценка правил (http://www.cs.bgu.ac.il/ ~ dfischer/CAFASP2/evalr.html)
Пожалуйста, прочтите инструкции (!!!): http://www.cs.bgu.ac.il/ ~ dfischer/CAFASP2 / announce3.html (прилагается), формат CASP описано в: http://predictioncenter.llnl. gov/casp4/doc / casp4-format.html (прилагается).
CAFASP это особая дисциплина для серверов. Подводя итоги: вы можете настроить сервер для метода? С наилучшими пожеланиями,Leszek
Но Кушелев решил бороться до конца с правилами конкурса и с его организаторами:

     Кушелев: -Мы готовы разместить сервер в вашем распоряжении, но ДНК-последовательность является необходимой в качестве вклада. Не будете ли Вы столь любезны дать нам образец входные данные с ДНК-последовательности, и мы подготовим программу в соответствии с ним на сервере. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев.

     -Я хотел бы использовать только формат PDB.

     -Я считаю, что стандартные вторичные структуры это неправильно, так Я и послал вам только PDB.

     -Мы не сделали сервер по техническим причинам, поэтому мы можем принять участие в CAFASP только через электронную почту.

Leszek: Но Вы, наверное, хотите, чтобы ваши предсказания были оценены как-то?
Но ваши результаты не будут оценены, если вы не представите CASP формат прогнозов.

      Кушелев : Уважаемый сэр, я не нашел CASP Идентификационный номер нашего сервера. Так что я не знаю, если наши результаты были приняты во внимание. Не будете ли вы так добры, сообщите мне, что этим вопросом. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев.

Leszek:Я не смог найти любую CASP отформатированные файлы с вашего сервера. С наилучшими пожеланиями.

      Кушелев : Уважаемый сэр, мы направили наши результаты в формате CASP но они были отклонены. Таким образом, мы направили наши результаты только вам. Мы поняли вас, что вы включите наши результаты в базу данных под номером 33 (они находятся в базе данных CAFASP). Буду весьма признателен, если вы проясните ситуацию.

Ничего себе, несчастный Leszek оказывается должен переформатировать результаты Кушелева в нужный формат и разместить врукопашную на сервере!!!
Вообще-то это обязанность конкурсантов!

     Кушелев: Уважаемый сэр, мы предсказывали 3D структуру объектов в формат PDB. Как я понял, вы лично вложили результаты в базе CAFASP данные под номером 33.
Я высоко ценю вашу волю, чтобы помочь нам.

Это Кушелев так издевается над одним из организаторов конкурса!

     Это для нас очень важно знать, как работает наша программа. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев

Напомним, оценке подвергалась вторичная структура!!! И наконец контрольный выстрел в голову Leszek.

Leszek: Вы думаете, 3D структуры или вторичная структура?

     Кушелев: 3D-структуры только!

Было бы занятно посмотреть, каково было выражение лица Leszek, когда он прочитал это сообщение. И какие слова он произнёс.

И правильно.
А то придётся ещё программу за Кушелева доделывать и на первое место продвигать! А уж объяснить Кушелеву в чём его ошибки может и жизни не хватить.

© 2009 "Офигеология без границ"