Как Кушелев c биологами
спорил.
Январь 2012 года

     Кушелев, маскируясь под ником Student2012:

      В лаборатории Наномир создана коммерческая версия пикософта, которая может выдавать клиентам структуры белков в стандарте PDB и в дополнительном стандарте PIKO 3D лаборатории Наномир, т.е. в виде файлов, которые можно открывать в программе 3DS Max.

     NMR-guy:

Приведенный Вами скрипт ничего не строит, он подгоняет любые вводимые сиквенсы к однажды просчитанной пространственной укладке аминокислот молекулы коллагена.

     Кушелев, маскируясь под ником Student2012:

Автор утверждает, что программа-скрипт строит модель любого белка, в т.ч. коллагена автоматически, по кодирующей его нуклеотидной последовательности. Человек не принимает в этом процессе участия.
     Не могу поверить, что эта спираль - случайное совпадение десятков геометрических параметров.
     Но его алгоритм чисто геометрический, т.е. физику не учитывает вообще. Её можно учесть с помощью дополнительных алгоритмов, которые в его программе ещё не реализованы.

     NMR-guy:

Дело в том, что в реальном мире геометрия белковых сверток не существует без физики, так как большая часть атомов на поверхностях интерфейсов молекул сильно поляризована или заряжена. Просто упаковывать боковые цепи аминокислот в пространстве мало, часть атомов КАТЕГОРИЧЕСКИ не захотят находиться в пространстве рядом с другим атомом соседней молекулы. Структура сия в реальности существовать просто не будет.

     Кушелев, маскируясь под ником Student2012:

На первый взгляд кажется, что Вы правы, но если представить, что в генах закреплены удачные координаты атомов, а не случайные, то ситуация меняется.

     Flyamer:

А может автор построить структуру коннексина-26 (Cx26)? И его сборки в коннексон.

     Кушелев, маскируясь под ником Student2012:

Пикотехнологическая модель коннексина-26 (Cx26) / connexin-26. Каждый электрон поверхности изображён кольцом.

     Flyamer:

Ок. Теперь скажите, пожалуйста, похоже ли это на реальную структуру, как Вам кажется?

     Кушелев, маскируясь под ником Student2012:

Как проверить, какая модель более правильная?
     Понятно, что ошибка интерпретации данных РСА на любую величину может означать ошибку на один атом, а ошибка на один атом может означать ошибку на один аминокислотный остаток, если атом находится на границе между ними. Наконец, ошибка на один аминокислотный остаток может означать ошибку на один виток альфа-спирали, если атом находится на границе между витками.
     Кроме того, нужно учитывать, что пикотехнологическая модель белка сильно упрощённая, т.е. в модели настроены только 4 варианта композиционных углов из 7. Не учитываются физические свойства аминокислот. В частности не учитывается гибкость пролина и особенности других аминокислот. Что это значит? Это значит, что молекула белка может изображаться в развёрнутом виде, как, например выпрямленная рука человека, которая в рабочем состоянии может быть согнутой.
     В настоящее время реализован чисто геометрический алгоритм. Он подходит для тех белков, которые не меняют форму в процессе работы. Если же белок может гнуться во время работы, например, на таких амино/имино-кислотах, как пролин, то форма модели может заметно отличаться от формы реальной молекулы.
     В таком случае можно попробовать довести модель вручную.

     Flyamer:

Так, по-моему тут есть некоторая подмена понятий... Одно дело - определение вторичной структуры, которая, по Вашим словам, тут практически совпала (витки спиралей там...), и совсем другое - третичная, которая как раз нас и интересует. Со вторичной, насколько я знаю, проблем немного, ее умеют предсказывать в целом хорошо. А вот как раз с третичной - взаиморасположением разных частей, все крайне сложно. А как раз общая форма структур совпадает по-моему так себе (или надо нарисовать моделируемую структуру по-другому, чтобы стало видно сходство, может быть я чего-то не понимаю).

     NMR-guy:

В силу экспериментального выявления отсутствия у автора на данный момент понятия о том, что значит "научность", крайне сбивчивой и скользкой аргументации, странностей в собственных рассуждениях, и, главное, при отсутствии понимания того простого факта, что результаты должны поддаваться простой проверке на достоверность, ему предлагается продолжать обсуждение данной темы в "Беседе", где его гипотезу о естественном отборе вальсов Шопена в генетическом коде всегда найдется кому поддержать (квалифицированных эволюционистов там для такой гипотезы вполне достаточно).

     Кушелев, маскируясь под ником Student2012:

Какая из моделей точнее?
     Точность РСА такова, что не позволяет отличить длинный участок спирали от коротких, разделённых неспиральными участками. Ведь длину альфа-спирального участка РСА позволяет определить с погрешностью в целый виток, т.е. 4-5 аминокислотных остатков.

     Flyamer:

Ну, вот тут-то и получается, что проверить эти модели нельзя, потому что Вы сразу же говорите, что РСА неточен. Учитывая, что нет другого полноценного метода определения структуры, модели непроверяемы.

     Кушелев, маскируясь под ником Student2012:

Интересно, удастся ли собрать из 6 коннексинов коннексон?

     Flyamer:

И как, удастся? С четырьмя трансмембранными доменами у белка?

     Кушелев, маскируясь под ником Student2012:

Пикотехнологическая модель коннексона (в открытом и в закрытом состоянии) Давайте вместе посчитаем. Шаг альфа-спирали известен - 0,54 нм
Считаем число витков, и умножаем на 0.54 нм

     Flyamer:

Вот тут-то и проблемка... По РСА размер самой узкой части отверстия 1,4 нм, ошибка больше, чем в два раза. А это самая важная характеристика, связанная с пропускной способностью контакта. И точность РСА Вас тут уже не спасет.

     Кушелев, маскируясь под ником Student2012:

В данном случае ошибка в два раза - вполне нормально. Я просто ошибся при сборке четвертичной структуры.

     Flyamer:

И вообще, я бы сказал, что общий вид коннексона, полученного с помощью Вашей модели, совершенно не похож на реальный.

     Flyamer:

В общем, в чем я убедился, что ТС не хочет разбираться, а подгоняет результаты работы программы под реальность, все неточности "сбрасывает" на точность РСА. С этим работать невозможно.

© январь 2012 "Офигеология без границ"